綜合保稅區(qū)擁有多種外向型功能，包括國際中轉(zhuǎn)、配送、采購和轉(zhuǎn)口貿(mào)易等。保稅物流中心/物流園區(qū)具備這些功能，并開展保稅倉儲、流通性簡單加工、包裝及增值服務(wù)等。生產(chǎn)物流和流通物流是保稅物流的主要分類，生產(chǎn)物流是進(jìn)出口加工，流通物流則是進(jìn)出口備貨及成品銷售區(qū)。保稅區(qū)可作為境內(nèi)關(guān)外的一個臨時緩沖區(qū)，即使貿(mào)易手續(xù)不全，也可將貨物提前進(jìn)入該區(qū)寄存，再處理后續(xù)過程。在雙向海外倉模式中，賣家將利潤高的貨物、貴重貨物退貨運回國內(nèi)保稅倉，以安排維修處置和再銷售，從而減少退件損失。保稅區(qū)最常見的功能是加工貿(mào)易，即對貨物進(jìn)行本質(zhì)性加工生產(chǎn)。

國家級出口加工區(qū)都有單獨的海關(guān)關(guān)區(qū)代碼，是集保稅加工、物流、研發(fā)、檢測、維修等功能為一體的綜合保稅區(qū)，是政策最優(yōu)、機制最活、通關(guān)最快的對外開放區(qū)域。加工貿(mào)易的保稅貨物有三類：一是供加貿(mào)（來料加工）加工成品后復(fù)出口的進(jìn)口料件；二是外國商品寄售業(yè)務(wù)、外國產(chǎn)品維修業(yè)務(wù)、外匯免稅商品及保稅生產(chǎn)材料市場；三是轉(zhuǎn)口貿(mào)易貨物、外商存放貨物及國際航行船舶所需的燃料、物襯和零配件等。所有貨物進(jìn)出監(jiān)管區(qū)，都經(jīng)過保稅倉系統(tǒng)的在冊管理。

保稅生產(chǎn)的物流系統(tǒng)對工廠內(nèi)部的原材料、半成品、成品及零部件等進(jìn)行存儲和輸送，著重于物流與實時生產(chǎn)的對接。區(qū)內(nèi)生產(chǎn)線邊的庫存較低，物料需要從倉庫送到生產(chǎn)線，對配貨效率及頻次要求高。區(qū)內(nèi)企業(yè)生產(chǎn)的最終產(chǎn)品多數(shù)是直接出口的。對于出口轉(zhuǎn)內(nèi)銷的產(chǎn)品，需要按照特定稅號進(jìn)行清關(guān)進(jìn)口。無本質(zhì)性加工的流通性保稅物流如消費型產(chǎn)品的成品進(jìn)入綜合保稅區(qū)，只檢疫不檢驗，模式靈巧。

大宗物資的保稅倉中，投行可通過倉儲掌握出貨節(jié)奏并進(jìn)行套利，如金屬期貨實物交割、質(zhì)押、延期交貨等操作。跨境B2B電商所碰到的交付、結(jié)算及結(jié)匯等難題可以利用保稅區(qū)的特征搭建“結(jié)算倉”的交易體系。當(dāng)采購方付款后，保稅倉的倉庫工作人員就把供貨商庫存移到買家?guī)齑妫糟y行支付信息作為保稅區(qū)內(nèi)貨權(quán)交割的依據(jù)，使保稅倉成為進(jìn)出口供給鏈的監(jiān)管角色。同時，隨著綜合保稅區(qū)全面實用跨境保稅進(jìn)口政策，各城市試點期間的稀缺性、政策先導(dǎo)優(yōu)點將被拉平。

此外，保稅倉庫內(nèi)管理提供多種電商倉配服務(wù)，包括貨物拍照、盤點、貼標(biāo)包裝、分揀、產(chǎn)品組合、放宣傳頁、加固包裝、分級分選、稱重包裝等。在多個試點城市盤活了當(dāng)?shù)乇６悎@區(qū)的倉儲，37個大中城市的跨境電商試驗區(qū)遍及全國，為商品流通提供存儲、分揀、配送等服務(wù)，連接貿(mào)易商和消費者。隨著綜合保稅區(qū)的全面實用跨境保稅進(jìn)口政策，各城市試點期間的稀缺性、政策先導(dǎo)優(yōu)點將被拉平。